仕組みは腐敗と同じであるが、特に人間にとって有用な場合に限って「醗酵」と呼ぶ。広義には醗酵も腐敗に含まれる。
時に、菌の作用によるものではないものも醗酵と呼ばれる。茶の半醗酵、完全醗酵は、茶の葉に含まれる酵素による酸化醗酵である。
コメが麹と酵母によって日本酒になったり、酵母によってパン生地の中の小麦粉が分解されてできた炭酸ガスで生地が膨れたりするなどの現象を指す。
最も広く見られるのは、アルコール醗酵を利用した酒など、いわゆるアルコール飲料の製造である。ほぼ世界中に見られ、多様な素材を用いて様々な製造法が行われている。
醗酵作用を利用した醗酵食品は世界各地に見ることが出来る。ある種の微生物が多数を占めるため腐敗に対し耐性を示すことから、保存食として扱われる物もあるが、その鮮度が短いものも多く、発酵食品を保存食品に分類することは誤りである。また中には猛毒であるフグの卵巣を、醗酵作用を通して食用可能にした河豚の卵巣の糠漬けのような醗酵食品もある。
